rDock: インストール

By | 2015年10月22日


今回は、オープンソースのドッキングソフトウェアであるrDock[*]をFedora 20(64bit)にインストールしてみます。

[*] PLoS Comput Biol 10(4)

コンパイル

入手先: http://rdock.sourceforge.net/download/
入手ファイル名: rDock_2013.1_src.tar.gz

まずは、rDockのコンパイルに必要な以下のソフトウェアをインストールします。

$ sudo yum install cppunit cppunit-devel
$ sudo yum install popt popt-devel

私の環境ではすでにインストールされていましたが、以下のソフトウェアのインストールも必要です。
・gcc and g++ compilers version > 3.3
・make

次にrDockのコンパイルを行います。

$ tar zxvf rDock_2013.1_src.tar.gz
$ cd rDock_2013.1_src/build
$ make linux-g++-64

テスト

$ make test

以下の出力がでれば、テスト成功です。

.
.
The test succeeded! The results agree with the reference ones.
Have fun using rDock!!

環境変数の設定

環境変数は次のように、設定します。

.bashrc:

export RBT_ROOT=/home/user/xxxx/rDock_2013.1_src
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$RBT_ROOT/lib
export PATH=$PATH:$RBT_ROOT/bin

RBT_ROOTは、rDockをインストールしたディレクトリを指定します。

以上で、rDockのインストールは完了です。
次回は、rDockの使用法について記載したいと思っています。