KNIME: 化合物名から構造への変換

By | 2015年10月15日


今回は、化合物名から構造への変換を行ってみます。
構造への変換は、Term To Structureノードで実施しますが、内部ではOSCARが使われています。

kinime_ntos_01

各ノードの設定方法を説明します。
各ノードを配置、接続した後、ノードをダブルクリックするとConfigureが開き、設定を行うことができます。

化合物名の入力

CSV Readerノードを使って、化合物名の読み込みを行います。
化合物名は、テキストファイルに、以下の様に記載します。

chemicalName.txt:

benzene
phenol
Acetoaldoxime
Anthranilamide
adenosine diphosphate

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Termに変換

化合物名は、String型として読み込まれていますので、String To Termノードを使って、Term型に変換します。

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構造に変換

Term To Structureノードを使って、構造に変換します。
構造は、SMILES(String型)で出力されます。

kinime_ntos_04

SMILESにCast

Molecule Type Castノードを使って、String型で収められている構造をSMILES型に変換します。

kinime_ntos_05

以上で設定は終わりです。
ワークフローを実行し、Molecule Type Cast上で右クリックし、Wrapped outputを選択します。

kinime_ntos_06

化合物名が構造に変換されていることが確認できます。