NNScore2: Neural-Network-Based Scoring Function 2

By | 2015年10月9日


NNScore2[*]は、タンパク質と低分子の間のKd値をNeural-Netwokを用いて予測するソフトウェアです。

* J.Chem.Inf.Model. 2011,51,2897-2903

インストール

NNScore2をWindowsにインストールしてみます。

NNScore2:
入手先:http://sourceforge.net/projects/nnscore/files/
入手ファイル名:NNScore2.01.py

NNScore2は、AutoDock Vina 1.1.2を外部プロセスと実行します。
NNScore2.01.pyでは、os.popenを用いてAutoDock Vinaを実行していますが、私のWindowsの環境では、うまく動作しませんでした。

そこで、外部プロセスの実行をsubprocessを使って行うようにしました。
NNScore2.01.pyのgetCommandOutput2を以下のように修正しました。

def getCommandOutput2(command):
    from subprocess import Popen, PIPE
    p = Popen(command.split(' '), stdout=PIPE, stderr=PIPE)
    data, err = p.communicate()
    if err:
        raise RuntimeError, '%s failed w/ exit code ' % (command)
    return data

次に、NNScore2.01.pyの変数vina_executableを以下のように編集しました。

vina_executable = "C:/Program Files (x86)/The Scripps Research Institute/Vina/vina.exe"

AutoDock Vina:
入手先:http://vina.scripps.edu/download.html
入手ファイル名:autodock_vina_1_1_2_win32.msi

インストーラーの指示に従い、インストールします。

入力ファイル:
NNScore2は、pdbqt形式のファイルを入力形式として利用しています。
pdbqtは、MGLTools(AutoDockTools)を用いて作成することができますが、今回は、AutoDock 4.2.6のExamplesに含まれる以下のファイルを使うことにします。

1dwd_rec.pdbqt
1dwd_lig.pdbqt

ただし、1dwd_rec.pdbqtファイルの以下に示す最後の2行は、AutoDock Vinaを実行する際に、エラーとなったので、削除すると動作するようになりました。

.
.
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0 2971    2    0    0
END

利用方法

NNScore2.01.pyのあるフォルダに1dwd_rec.pdbqtと1dwd_lig.pdbqtをコピーします。

>python NNScore2.01.py -receptor 1dwd_rec.pdbqt -ligand 1dwd_lig.pdbqt

Kd値は、39.74nMと予測されました。

NNScore 2.01
============
.
.
When the poses were ranked by the average of the 20 network scores
associated with each pose, the best-scoring pose was MODEL 1 (Score =
7.401 +/- 1.347 = 39.74 nM). This is the recommended ranking/scoring
metric.