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myChEMBL


ローカルな環境でChEMBLを使いたい場合、ChEMBLデータのpostgresへのインポート、構造検索用のcartridgeのインストール、そしてwebアプリの構築等、それなりの作業が必要となります。
myChEMBLは、上記の作業がされ、すぐにWebアプリとして利用できる状態で提供されるありがたいシステムです。仮想マシン用のフォーマットであるOVFで提供されています。

myChEMBLのインストール

Step 1: VirtualBoxのインストール
入手先:https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
入手ファイル:VirtualBox-4.3.26-98988-Win.exe

ここでは、Windows 8にVirtualBoxをインストールします。
インストーラの指示に従い、インストールしてください。

Step 2: myChEMBLの入手
入手先:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/VM/myChEMBL/current/
入手ファイル:
 myChEMBL-19_0.ovf
 myChEMBL-19_0.mf
 myChEMBL-19_0-disk1.vmdk

これら3つのファイルは、同じフォルダに置きます。
vmdkファイルは約10GBあります。

Step 3: VirtualBoxの設定
・myChEMBLのインポート
VirtualBoxを起動し、”ファイル” > “仮想アプライアンスのインポート” > “myChEMBL-19_0.ovf”を選択 > “次へ” > “インポート”

・コネクションの設定
“設定” > “ネットワーク” > “アダプター 1″
“ネットワークアダプターを有効化”にチェックを入れる。
“割り当て”を”NAT”にする。
“高度” を押し “アダプタータイプ”を”Intel PRO/1000 MT Desktop”にする。
“OK”ボタンを押す。

“設定” > “ネットワーク” > “アダプター 2″
“ネットワークアダプターを有効化”にチェックを入れる。
“割り当て”を”ホストオンリーアダプター”にする。
“OK”ボタンを押す。

myChEMBLの実行

Step 1: myChEMBLの起動
VirtualBoxを起動し、”myChEMBL-19.0″を選択、VirtualBoxの”起動”ボタンを押す。

Step 2: myChEMBLへの接続
loginプロンプトが表示されたら、Windows8上のブラウザで以下のURLにアクセスする。

http://192.168.56.101/

myChEMBL_image